W wypadku samochodowym u podnóża austriackich Alp ginie pracownik wiedeńskiego Muzeum Historii Sztuki, który kilka minut wcześniej oświadczył profesorowi liceum w Wolsztynie, że mieli wspólnego dziadka. Rzecz w tym, że Bolesław Howański zniknął po aresztowaniu przez Niemców w 1943 roku i jego dalsze losy pozostają tajemnicą.

Historię Bolesława Howańskiego stara się rozwikłać Rafał Terlecki, dziennikarz telewizyjny, z którym współpracuje redakcyjna koleżanka, pełna temperamentu Olga Morąg. Fakty odkrywane przez nich w trakcie skrupulatnego dziennikarskiego śledztwa wyraźnie wskazują, że wypadek w Austrii wcale nie był przypadkowy.

Morąg i Terlecki stają naprzeciw dobrze zakonspirowanej, bezwzględnej organizacji, która działa nie tylko w Polsce. Odnalezione w jeziorze, pozbawione głowy ciało młodej kobiety jest tego najlepszym dowodem.

"Szczurzy szlak" to historia, która zaczyna się podczas niemieckiej okupacji, ale ma całkiem współczesne, przepełnione zbrodnią tragiczne konsekwencje.