Do niezwykłej szkoły - Akademii pana Kleksa - mieszczącej się przy ulicy Czekoladowej, trafia Adaś Niezgódka, chłopiec którego prześladuje pech. W szkole jednak okazuje się niezwykle zdolny i w krótkim czasie zostaje ulubieńcem profesora - uczestniczy w przygotowaniu potraw z kolorowych szkiełek, przygląda się leczeniu chorych sprzętów, udaje mu się nawet, wzorem pana Kleksa, unieść się w powietrze i dolecieć do psiego raju. Adaś jest także powiernikiem szpaka Mateusza, który jest wielkim przyjacielem profesora. Mateusz opowiada chłopcu o swojej przeszłości - był księciem, ale zabił króla wilków i za karę wilki spustoszyły jego kraj, a on sam zamienił się w ptaka dzięki cudownej czapce bogdychanów, podarowanej mu przez doktora Paj-Chi-Wo. Tematem powieści są przygody chłopców, których wychowuje i uczy pan Kleks. Nauka w Akademii pobudza wyobraźnią, jest zabawą, w trakcie której chłopcy bez wysiłku mogą przyswoić sobie wiedzę. Profesor dba, by jego wychowankowie uczyli się także obowiązkowości, odpowiedzialności.